

Famines, épidémies, inondations suivies par de nombreuses révolutions au cours desquelles les San se massacraient vont conduire le songhoy à sa perte.
L’Askia Ishaq II (1588-1591) ne réussit pas à arrêter à Tondibi les Marocains. Commandés par Djouder, 2000 mercenaires européens et 1500 Marocains armés d’arquebuses de lances, attaquèrent à la demande du Sultan El Mansour du Maroc l’empire songhoy. Abrités derrière des troupeaux d’animaux, les cavaliers et les fantassins songhoy dès les premiers coups de feu tirés par les arquebuses jusque là inconnus au Soudan occidental furent mis en déroute. Les animaux, au lieu d’attaquer les Marocains, se retournèrent contre les songhoy. Les mercenaires massacrèrent le reste de l’armée qui refusa de s’enfuir.
Les Marocains installèrent le Pachalik marocain de Tombuctu qui devait désormais diriger le songhoy mais jamais, ils ne réussiront à instaurer l’ordre et la sécurité d’antan leur pouvoir s’exercerait le long de l’axe du Niger. Sur le plan humain, les descendants des soldats de Djouder vont se marier avec des songhay et donner naissance aux Arma (dont le nom viendrait d’arme) ou l’Arbu.
Le système politico-économique mis en place par l’empire songhoy se dégrada, mais jamais les songhay n’acceptèrent la domination, ils organisèrent la résistance sous la direction de Askia Nouhou dans le Dendi. L’empire s’effrita et finira par se réduire à des petites chefferies. La chute du songhoy marqua le début d’une ère d’anarchie de guerre au Soudan Occidental avant l’émergence du royaume bamanan.
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